报告人：于婷 博士后（山东大学）

      报告人简介：于婷，山东大学数学与交叉科学研究中心博士后，2020年博士毕业于山东大学数学学院，师从李国君教授。自博士期间，一直从事生物信息学方向的研究，主要的研究领域为转录组与基因组组装算法的设计，研究成果在Genome Research，Genome Biology，Bioinformatics等期刊发表。

      报告摘要：近年来二代RNA-seq技术依赖于其通量高、成本低的优势逐渐成为了研究转录组及其表达水平的主要手段。由于测序片段长度很短，必须经过有效组装才能恢复出全长转录本的序列，而真核生物的转录过程中，由于可变剪接现象的存在，同一个基因可以产生多个不同的转录本，而可变剪接的模式也呈现出多样化，这也是转录组拼接问题的难点所在。我们主要是利用图论中的理论将转录组拼接问题模型化，并利用组合优化技术解决拼接过程中的难点与瓶颈。

      我们提出来一种全新的基于参考基因组的组装算法iPAC，有效地解决了拼接问题中的瓶颈，弥补了当前算法的缺陷。我们在多组数据集上测试了iPAC的表现，结果表明iPAC均能超越其他算法。基于iPAC算法，我们通过借用其他组装算法的拼接结果，又提出了另一组装算法TransBorrow，TransBorrow创造性地根据不同的拼接结果来构建一个全新定义的着色图，并从该图中提取可靠的拼接子路。通过在100余组真实数据上的测试，TransBorrow可达到一致最优。

      报告时间：2020.12.27 19：30-20：30

      报告地点：腾讯会议

      会议ID ：393 974 809

      会议连接：https://meeting.tencent.com/s/lCh3AyhK5LId

      欢迎感兴趣的老师和同学们参加！